Esso è stato istituito dal Provveditorato agli Studi di Varese su parere e maggioranza del Consiglio Scolastico Provinciale di Varese con proprio decreto del 09/03/2000.

A seguito di tale decreto,  la Scuola materna Statale, le Scuole  Elementari di Bisuschio e Cuasso sono state aggregate  alla Scuola Media Statale “Don Milani” di Bisuschio con sede in via U. Foscolo, 13 che già comprendeva la sede distaccata della  S. Media Statale di Cuasso al Piano.

L’Istituto Comprensivo  Statale di Bisuschio  è  il risultato di una politica scolastica tesa alla razionalizzazione del servizio e  al progressivo miglioramento dell’offerta formativa.

La scuola “verticalizzata” sperimenta e promuove modelli pedagogici che, nel rispetto dei ritmi di crescita delle alunne e degli alunni e delle peculiarità di ogni ordine di scuola, garantiscano un percorso formativo organico e completo dai 3 ai 14 anni di età

La Direzione dell´Istituto Comprensivo è stata affidata dal 01/09/2021 al Dirigente Dott.ssa Magistro Lucia Rossella.

La Direzione dell'Istituto Comprensivo "Don Milani" dal 16/01/2023 è stata affidata al Dirigente Prof.ssa Laura Maineri.